重組蛋白質(zhì)抗原上往往帶有多個(gè)不同的抗原決定簇，其中有些是順序決定簇，有些為結(jié)構(gòu)決定簇。利用變性的抗原免疫動(dòng)物獲得多克隆抗體是針對各個(gè)抗原決定簇的抗體的混合物，在一般應(yīng)用中能夠用于檢測天 然結(jié)構(gòu)或變性的目標(biāo)蛋白。 利用變性蛋白做為免疫原的一個(gè)附帶的好處是變性蛋白往往有更強(qiáng)的免疫原性， 能夠刺激動(dòng)物產(chǎn)生強(qiáng)的免疫應(yīng)答。

用做抗原目的的蛋白質(zhì)一般選擇使用大腸桿菌表達(dá)體系，因?yàn)樵擉w系時(shí)間與金錢成本最di。為了提高目標(biāo)蛋白質(zhì)表達(dá)的可能性與純化的方便性，人們有時(shí)只表達(dá)目標(biāo)蛋白的一個(gè)小的片段，如特定的結(jié)構(gòu)域。

蛋白質(zhì)特定的結(jié)構(gòu)域

如果制備抗體的目的單純用于 wb 檢測，采用合成的小肽作為抗原是經(jīng)濟(jì)快速的，但是存在由于肽段選擇不合適造成的免疫原性弱或者無反應(yīng)原性的風(fēng)險(xiǎn)，由于抗體制備需要較長的周期，因此利用多肽抗原制備抗體時(shí)，常常選取兩三段不同的肽段以保證實(shí)驗(yàn)的成功率。

免疫用的多肽抗原純度要求大于80%，更高的純度雖然理論上可以獲得特異性更好的抗體，實(shí)際操作過程中動(dòng)物總是要產(chǎn)生大量非特異性抗體，從而掩蓋了抗原純度所帶來的收益。

此外，用小片段多肽制備抗體時(shí)必須交聯(lián)到適當(dāng)?shù)妮d體抗原上以增強(qiáng)其免疫原性。 常見的有 KLH 與BSA兩種抗原載體。