單細(xì)胞測序的興起，不僅是新概念炒作，而是在相關(guān)領(lǐng)域，長時間由于技術(shù)的瓶頸很多生物學(xué)問題沒有解決，現(xiàn)在突然有一個技術(shù)可以高性價比地解決這些問題，導(dǎo)致這個技術(shù)被大量應(yīng)用。

以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)為例開展探討，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組主要包括以下四個步驟，其中關(guān)鍵的一點就是如何進行單細(xì)胞的捕獲/分選，這是決定單細(xì)胞檢測成本和通量的關(guān)鍵步驟。

主要步驟：在細(xì)胞分選的方法里，主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法，兩類方法的關(guān)系有點類似定量（只針對特定目標(biāo)基因進行檢測）和轉(zhuǎn)錄組測序，用特定標(biāo)志對特定目標(biāo)細(xì)胞進行挑選，然后對目標(biāo)細(xì)胞開展測序，所以特異性選擇的方法通常通量很低。

非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法，一般是用特定的技術(shù)隨機從樣本中捕獲的大量細(xì)胞單體，然后直接平行對大量細(xì)胞進行獨立的測序，再從大量單細(xì)胞數(shù)據(jù)中尋找自己感興趣的細(xì)胞類型進行后續(xù)分析。反轉(zhuǎn)錄擴增過程中，每個細(xì)胞的cDNA會被接上特異的接頭序列，保證后續(xù)混合測序后還能重新獨立拆分每個細(xì)胞的數(shù)據(jù)，芯片由于可以平行進行96個細(xì)胞的建庫測序，降低了成本。

單細(xì)胞測序進行目標(biāo)組織細(xì)胞圖譜全景掃描這樣的研究，一般要求檢測至少數(shù)千個甚至幾十萬個細(xì)胞，而芯片通量只有96個細(xì)胞，則意味著要進行多次芯片捕獲，這會提高芯片耗材的投入成本，因此，我們還需要更高通量的技術(shù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單個細(xì)胞水平對mRNA進行高通量測序的一項新技術(shù)，針對單個細(xì)胞研究其整體水平的基因表達情況，成功解決細(xì)胞分子機制研究中常見的細(xì)胞異質(zhì)性、細(xì)胞量少而無法進行常規(guī)高通量測序等難題。